Los conejos pueden contraer muchas enfermedades pero las más comunes son 15, algunas comunes entre todos los mamíferos, como la rabia o la neumonía.

En estos animales Algunas enfermedades pueden ser causadas por ácaros y pulgas como la sarna o la tularemia que causa la perdida de apetito del conejo y su muerte en dos días.

Otra enfermedad letal para la mascota es la “coccidiosis” que se propaga de un animal a otro por contacto con los excrementos infectados del parasito coccidio. Esta enfermedad es la que produce más muertes entre conejos, causando problemas y trastornos en el sistema digestivo, hasta que el conejo deja de alimentarse e hidratarse y muere. Los coccidios también hacen mas vulnerable al animal a la infección por coniformes, esta infección, como la coccidiosis, tiene de síntoma a la diarrea y causa la muerte del animal.

La Enfermedad hemorrágica del conejo es viral y no se transmite a humanos pero es altamente contagiosa entre estos animales y causa una muerte súbita y violenta. Esta enfermedad tiene síntomas dolorosos para la mascota como convulsiones, fiebre y dificultades para respirar hasta que mueren en un máximo de 48 horas de contraída la enfermedad.

Otras enfermedades son más inofensivas y se previenen con una correcta higiene de la mascota y lo que lo rodea, como la mixomatosis que es causada por insectos hematófagos como las garrapatas.

Los tarsos ulcerados pueden ocurrir por mantener la jaula en sitios húmedos, ya que esto crea bacterias y hongos que atacan a la piel del conejo.
La piel del animal también se puede ver afectada por heridas externas, ya que esto causa inflamaciones supuradas, y la mala alimentación puede hacer que el animal pierda su pelaje y sufra alopecia.

Los ojos de esta mascota también pueden infectarse cuando tienen invaginación, esto es cuando los parpados están doblados para adentro. Una vez infectados los ojos, el conejo puede tener ceguera.